Στις περιπτώσεις συγκεκριμένων ειδών αλιευμάτων ή ζωνών αλίευσης, η νομοθεσία περιορίζει των αριθμό των λιμένων στους οποίους γίνονται οι διαδικασίες μεταφότωσης ή και εκφόρτωσης. Ο σκοπός είναι να γίνονται ευκολότερες και στοχευμένες οι διαδικασίες ελέγχου σε "ευαίσθητα" αλιεύματα αλλά και η έγκυρη καταγραφή των ποσοτήτων των αλιευμάτων τέτοιων ειδών.

Κατ' επέκταση τα Κράτη Μέλη καθορίζουν συγκεκριμένους λιμένες στους οποίους αλιευτικά σκάφη εκφορτώνουν είδη τα οποία υπόκεινται σε πολυετή σχέδια.

Ταυτόχρονα, οι διαδικασίες μεταφόρτωσης για όλα τα αλιεύματα δύναται να γίνουν σε καθορισμένους λιμένες μόνο. Δεν επιτρέπεται η μεταφόρτωση εν πλω σε κοινοτικά ύδατα. Επιτρέπεται μόνο κατόπιν αδείας και υπό τους όρους της Εθνικής και Κοινοτικής Νομοθεσίας στους καθορισμένους λιμένες.

Επιπλέον, πρόσβαση στους λιμένες και πραγματοποίηση εργασιών εκφόρτωσης ή μεταφόρτωσης από αλιευτικά σκάφη τρίτων χωρών επιτρέπεται μόνο σε καθορισμένους λιμένες.

Οι καθορισμένοι λιμένες βρίσκονται αναρτημένοι κάτω από το Πεδίο "Μέτρα Ελέγχου Αλιείας" στην αρχική σελίδα.