Το Τμήμα Αλιείας και Θαλασσίων Ερευνών, λειτουργεί δυο ερευνητικούς σταθμούς, τον Ερευνητικό Σταθμό Υδατοκαλλιέργειας Γλυκού Νερού Καλοπαναγιώτη και τον Ερευνητικό Κέντρο Θαλάσσιας Υδατοκαλλιέργειας Κύπρου (ΕΚΘΥΚ) που βρίσκεται στο Μενεού της Λάρνακας.Ο ΕΚΘΥΚ αποτελεί το κέντρο των ερευνητικών προγραμμάτων για ανάπτυξη της θαλάσσιας υδατοκαλλιέργειας στην Κύπρο. Τα ερευνητικά προγράμματα στο Ερευνητικό Κέντρο επικεντρώνονται κυρίως στην εκτροφή νέων ειδών όπως το μινέρι (Seriola dumerili), ο κρανιός (Argyrosomus regius), το κυπριακό φαγκρί (Pagrus pagrus), το γιαπωνέζικο φαγκρί (Pagrus major), η προσφυγούλα (Siganus rivulatus), το χταπόδι (Octopus vulgaris) και το λυθρίνι (Pagellus erythrinus), καθώς και στη βελτίωση των σχετικών τεχνικών και μεθόδων εκτροφής και αναπαραγωγής. Επιπρόσθετα γίνονται δοκιμές νέας τεχνολογίας για την παραγωγή ζωντανής τροφής όπως τροχόζωα (Rotifers) και αρτέμια.

Η διαχείριση των εσωτερικών υδάτων για ερασιτεχνική αλιεία διεξάγεται από το ΤΑΘΕ με τον Ερευνητικό Σταθμό Υδατοκαλλιέργειας Γλυκού Νερού Καλοπαναγιώτη να αποτελεί τη μοναδική υποδομή για στήριξη αυτής της δραστηριότητας. Στον σταθμό οι δραστηριότητες επικεντρώνονται στην πειραματική εκτροφή και αναπαραγωγή οξύρυγχου (Acipencer sp.), ενώ ταυτόχρονα παράγονται με επιτυχία ιχθύδια πέστροφας για εμπλουτισμό των υδατοφρακτών για στήριξη της ερασιτεχνικής αλιείας και για προμήθεια των ιδιωτικών μονάδων εκτροφής πέστροφας. Επίσης οι δραστηριότητες του σταθμού συνεισφέρουν στην ορθολογική διαχείριση και εμπλουτισμό των υδατοφρακτών για σκοπούς βιοποικιλότητας καθώς και την περεταίρω ανάπτυξη της ερασιτεχνικής αλιείας.

Είναι σημαντικό να αναφερθεί ότι στο σταθμό φιλοξενούνται διάφορα είδη ψαριών γλυκού νερού (μητρικά αποθέματα) τα οποία ειδικά σε περιόδους ξηρασίας ή σε περιόδους που αδειάζουν οι υδατοφράκτες για σκοπούς συντήρησης, μόλις οι συνθήκες το επιτρέπουν, τοποθετούνται στους υδατοφράκτες με σκοπό τον εμπλουτισμό και τη διατήρηση της βιοποικιλότητας.

Σημειώνεται ότι, οι υδατοφράκτες εμπλουτίζονται ετησίως με 20,000 περίπου πέστροφες διαφόρων μεγεθών, που παράγονται στον Ερευνητικό Σταθμό Υδατοκαλλιέργειας Γλυκού Νερού Καλοπαναγιώτη για σκοπούς ενίσχυσης των υφιστάμενων πληθυσμών.

- ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΟ ΚΕΝΤΡΟ ΘΑΛΑΣΣΙΑΣ ΥΔΑΤΟΚΑΛΛΙΕΡΓΕΙΑΣ ΚΥΠΡΟΥ (ΕΚΘΥΚ)
- ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΟΣ ΣΤΑΘΜΟΣ ΥΔΑΤΟΚΑΛΛΙΕΡΓΕΙΑΣ ΓΛΥΚΟΥ ΝΕΡΟΥ