Στα πλαίσια εξασφάλισης της βιωσιμότητας του επαγγέλματος του αλιέα και τη στήριξη της παράκτιας αλιείας, το ΤΑΘΕ συντηρεί και διαχειρίζεται συνολικά 16 αλιευτικά καταφύγια με σκοπό τον ασφαλή ελλιμενισμό των επαγγελματικών αλιευτικών σκαφών.
Το πρόγραμμα δημιουργίας αλιευτικών καταφυγίων άρχισε με την ίδρυση του Τμήματος το 1964. Βαρύτητα είχε δοθεί στη κατασκευή αλιευτικών καταφυγίων στις βόρειες ακτές του νησιού. Με την εισβολή το 1974 τα καταφύγια αυτά έχουν γίνει απροσπέλαστα και έτσι το Τμήμα άρχισε να κατασκευάζει νέα αλιευτικά καταφύγια κυρίως στη ελεύθερη περιοχή Αμμοχώστου και στην επαρχία Λάρνακας. Αυτή τη στιγμή υπάρχουν τα ακόλουθα αλιευτικά καταφύγια:
Στην περιοχή Λάρνακας - Αμμοχώστου υπάρχουν καταφύγια στην Αγία Τριάδα, Παραλίμνι, Αγία Νάπα, Ποταμό Λιοπετριού, Ξυλοφάγου, Ορμήδεια, Ξυλότυμπου, Λάρνακα και Ζύγι.
Στην περιοχή Λεμεσού υπάρχουν τα αλιευτικά καταφύγια του παλιού λιμανιού Λεμεσού και Ακρωτηρίου.
Στην περιοχή Πάφου, μέρος του λιμανιού Κάτω Πάφου, το αλιευτικό καταφύγιο Αγίου Γεωργίου Πέγειας, μέρος του λιμανιού του Λατσιού, το αλιευτικό καταφύγιο Πωμού, και στην Επαρχία Λευκωσίας, αυτό του Κάτω Πύργου.
Τα υφιστάμενα αλιευτικά καταφύγια εκσυγχρονίζονται / αναβαθμίζονται επαρκώς ώστε να ανταποκρίνονται στις ανάγκες των επαγγελματιών αλιέων και στην ασφάλεια των σκαφών τους.
Τα αλιευτικά καταφύγια ωστόσο εξυπηρετούν και τους μη επαγγελματίες αλιείς αφού όταν υπάρχει διαθέσιμος χώρος ελλιμενισμού ενδέχεται να ελλιμενιστούν και άλλα σκάφη με κριτήρια προτεραιότητας.
Πέραν αυτού, τα κεκλιμένα ανέλκυσης / καθέλκυσης σκαφών (ράμπες) που βρίσκονται σε όλα σχεδόν τα αλιευτικά καταφύγια μπορούν να χρησιμοποιηθούν από κάθε πολίτη δεδομένου ότι δεν θα εμποδίζεται η εύρυθμη λειτουργία των αλιευτικών καταφυγίων.
Συγκεκριμένα, κεκλιμένα ανέλκυσης / καθέλκυσης σκαφών υπάρχουν στα ακόλουθα αλιευτικά καταφύγια: Παραλιμνίου, Αγίας Νάπας, Ποταμός Λιοπετρίου, Ξυλοφάγου, Ορμήδειας, Ξυλοτύμπου, Λάρνακας, Ζυγίου, Αγίου Γεωργίου Πέγειας, Πωμού και Κάτω Πύργου.