α) περιπολιών στη θάλασσα για την εφαρμογή των Περί Αλιείας Νόμων και Κανονισμών

β)εκτέλεση ερευνητικών προγραμμάτων

γ)πρόληψη και καταπολέμηση περιστατικών ρύπανσης στη θάλασσα από πετρελαιοειδή

δ) συνεργασία με άλλα Τμήματα για διάφορες εργασίες που αφορούν τη θάλασσα ή τους υδατοφράκτες.

Μετά από την Υπουργική Απόφαση, με αρ. 72.032, ημερομηνίας 29/4/2011 που αφορά στην ''Κατανομή αρμοδιοτήτων σε περίπτωση περιστατικών ρύπανσης από πετρελαιοειδή'', η Ναυτική Υπηρεσία του Τμήματος Αλιείας και Θαλασσίων Ερευνών έχει την ευθύνη για την αντιμετώπιση περιστατικών ρύπανσης από πετρελαιοειδή στη θάλασσα ενώ συντονίζει, συμμετέχει και υλοποιεί το μηνιαίο πρόγραμμα αναμονής για περιστατικά ρύπανσης.

Συγκεκριμένα, το ΤΑΘΕ έχει τον συντονισμό για περιστατικά τα οποία μπορούν να καταπολεμηθούν με τα εθνικά μέσα, ενώ το συντονισμό για περιστατικά ρύπανσης τα οποία είναι εκτός των εθνικών δυνατοτήτων και απαιτείται ξένη αρωγή από άλλες χώρες, τον έχει το Τμήμα Εμπορικής Ναυτιλίας με τη συνδρομή πάντα του ΤΑΘΕ. Για το σκοπό αυτό το ΤΑΘΕ διαθέτει εξοπλισμό αντιρύπανσης αξίας €2.000.000.

Εκτός του Εθνικού Σχεδίου Αντιμετώπισης της Θαλάσσιας Ρύπανσης από πετρελαιοειδή, η Ναυτική Υπηρεσία συμμετέχει στο Εθνικό Σχέδιο Έρευνας και Διάσωσης ''ΝΕΑΡΧΟΣ'' , στο Εξωτερικό Σχέδιο Έκτακτης Ανάγκης ''SEVESO II'' όπως επίσης και στην πολυεθνική άσκηση ''ΑΡΓΟΝΑΥΤΗΣ''.

Επανδρώνεται από 14 άτομα:

- 2 Κυβερνήτες,

- 3 Μηχανικούς

- 9 Ναύτες, εκ των οποίων οι 3 είναι κυβερνήτες μικρών σκαφών και οι 2 με απόσπαση από άλλες υπηρεσίες.

Για την εκτέλεση των εργασιών του Τμήματος η Ναυτική Υπηρεσία έχει στη διάθεση της 6 σκάφη. Αναλυτικότερα:

ΓΟΡΓΩ (F11), ΑΜΦΙΤΡΙΤΗ (F10), ΑΛΚΥΩΝ(F9):

Περιπολικά σκάφη πολλαπλής χρήσης. Ελλιμενίζονται στο Παλιό Λιμάνι Λεμεσού, στο Λιμανι Λάρνακας και στο Αλιευτικό Καταφύγιο Παραλιμνίου αντίστοιχα . Είναι κατασκευασμένα από FG, μήκους 12 μέτρα , αναπτύσσουν μέγιστη ταχύτητα 22 κόμβους και χρησιμοποιούνται κυριώς για περιπολίες, ερευνητικά προγράμματα και καταπολέμηση της ρύπανσης της θάλασσας από πετρελαιοειδή.

F12, F13, F14:

Φουσκωτά περιπολικά σκάφη, μήκους 5.60 μέτρα, 8.50 μέτρα και 8.50 μέτρα αντίστοιχα. Αναπτύσουν μέγιστη ταχύτητα 45κόμβους και χρησιμοποιούνται κυρίως για περιπολίες, άμεσους ελέγχους που αφορούν παρανομίες και ρύπανση στη θάλασσα.