Ο περί Προστασίας και Διαχείρισης της Φύσης και της Άγριας Ζωής Νόμος (N.153(Ι)/2003), ετοιμάστηκε με σκοπό την εναρμόνιση με τις Οδηγίες της Ευρωπαϊκής Ένωσης για τη διατήρηση των φυσικών οικοτόπων, καθώς και για την εισαγωγή δερμάτων ορισμένων νεογνών φώκιας και προϊόντων που προέρχονται από αυτά και για την προστασία άγριας πανίδας και χλωρίδας με τον έλεγχο του εμπορίου τους.
Με βάση τον πιο πάνω Νόμο ιδρύθηκε Επιστημονική Επιτροπή, της οποίας προεδρεύει ο Διευθυντής του Τμήματος Περιβάλλοντος και αποτελείται από εκπροσώπους, διαφόρων αρμόδιων κυβερνητικών Τμημάτων, μη-κυβερνητικών οργανισμών και ειδικών επιστημόνων. Ο ρόλος της Επιτροπής είναι να συμβουλεύει ή και να γνωμοδοτεί στον Υπουργό Γεωργίας και τον Υπουργό Εσωτερικών για κάθε θέμα που αφορά το Νόμο, καθώς και για θέματα που αφορούν στον περί Προστασίας και Διαχείρισης Άγριων Πτηνών και Θηραμάτων Νόμο (N.152(Ι)/2003)
Μετά την οριστικοποίηση του καταλόγου των Τόπων Κοινοτικής Σημασίας, τα κράτη-μέλη υποχρεώνονται να κηρύξουν τις περιοχές αυτές ως Ειδικές Ζώνες Διατήρησης (ΕΖΔ), το αργότερο μέσα σε μια εξαετία και να καθορίσουν τις προτεραιότητες, για τη διατήρηση σε ικανοποιητική κατάσταση των τύπων οικοτόπων και ειδών κοινοτικού ενδιαφέροντος εντός αυτών. Ο κατάλογος των Τόπων Κοινοτικής Σημασίας, οι Χάρτες, τα Τυποποιημένα Δελτία Δεδομένων (SDF), τα Διαχειριστικά Σχέδια, καθώς και τα σχετικά Διατάγματα ανά περιοχή του Δικτύου βρίσκονται εδώ.
Στα πλαίσια της διαχείρισης των περιοχών γίνεται παρακολούθηση και επόπτευση όλων των περιοχών του δικτύου και βρίσκεται σε εξέλιξη οι διαδικασίες κήρυξης και των υπόλοιπων περιοχών ως ειδικές ζώνες διατήρησης και έκδοσης Διαταγμάτων, με την ολοκλήρωση των οποίων θα ολοκληρωθεί το νομικό πλαίσιο διαχείρισης της κάθε περιοχής.
Το δίκτυο Natura 2000 δεν απαγορεύει τις δραστηριότητες, εντός των ορίων του, αφού διέπεται από τη φιλοσοφία ότι ο άνθρωπος πρέπει να δουλεύει μαζί με τη φύση. Θα πρέπει όμως γενικά στις περιοχές αυτές να αποφεύγονται τα έργα και οι δραστηριότητες, που αναμένεται να επιφέρουν αρνητικές επιπτώσεις στα σπάνια είδη και τους οικοτόπους, για να εξασφαλιστεί η ικανοποιητική κατάσταση διατήρησής τους.
Κατά τη διαδικασία εξέτασης έργων ή σχεδίων που εμπίπτουν ή γειτνιάζουν ή επηρεάζουν περιοχές του δικτύου Natura 2000, οι επιπτώσεις των εν λόγω έργων ή σχεδίων αξιολογούνται δεόντως και γίνεται συγκεκριμένη εκτίμηση των επιπτώσεων στα είδη και τους οικοτόπους προτεραιότητας της περιοχής, με σκοπό τη διαφύλαξή τους. Το Τμήμα Περιβάλλοντος έχει θέσει άτυπη διαδικασία για δέουσα εκτίμηση για μικρά έργα, αλλά και αξιολόγηση μελετών Δέουσας Εκτίμησης για μεγαλύτερα έργα ή σχέδια, όπου γίνεται διαβούλευση με αρμόδια τμήματα, αλλά και εξειδικευμένα άτομα από μη κυβερνητικές οργανώσεις (ΜΚΟ), ώστε η Περιβαλλοντική Αρχή να είναι σε θέση να γνωμοδοτεί για τα εν λόγω έργα ή σχέδια.