Το Τμήμα έχει στην κατοχή του τις πιο κάτω συλλογές:
Α. Απολιθωμένα οστά από θηλαστικά του Πλειστοκαίνου – στα πλαίσια των ανασκαφικών δραστηριοτήτων του Τμήματος διατηρείται μια καταλογογραφημένη συλλογή από χιλιάδες οστά θηλαστικών, κυρίως νάνων ιπποπόταμων (Phanourios Minor) από διάφορες περιοχές της Κύπρου.
Β. Δείγματα πετρωμάτων, ορυκτών και απολιθωμάτων – στα πλαίσια των υπαίθριων δραστηριοτήτων του Τμήματος τα τελευταία 65 χρόνια, έχουν συλλεχθεί εκατοντάδες δείγματα πετρωμάτων, ορυκτών και απολιθωμάτων για ερευνητικούς και εκπαιδευτικούς σκοπούς. Η συλλογή βρίσκεται στη διαδικασία συντήρησης και αρχειοθέτησης. Η συλλογή περιλαμβάνει και εκατοντάδες δείγματα από ξένες χώρες. Μέρος από τη συλλογή εκτίθεται σε διάφορους χώρους του Τμήματος.
Γ. Πυρήνες Γεωτρήσεων – στα πλαίσια των υπαίθριων ερευνητικών δραστηριοτήτων του Τμήματος τα τελευταία 65 χρόνια, έχουν ανορυχθεί εκατοντάδες γεωτρήσεις, οι πυρήνες πολλών από των οποίων φυλάσσονται και αρχειοθετούνται.
Δ. Λεπτές τομές - στα πλαίσια των υπαίθριων ερευνητικών δραστηριοτήτων του Τμήματος τα τελευταία 65 χρόνια, έχουν κατασκευαστεί εκατοντάδες λεπτές τομές πετρωμάτων οι οποίες βρίσκονται στη διαδικασία συντήρησης και αρχειοθέτησης.