Η Αρχή Ελέγχου είναι η Υπηρεσία Εσωτερικού Ελέγχου της Κυπριακής Δημοκρατίας. Η Αρχή Ελέγχου έχει την ευθύνη της διασφάλισης της εκτέλεσης ελέγχων για την επαλήθευση της ουσιαστικής λειτουργίας του συστήματος διαχείρισης και ελέγχου του ΕΠΑΛ και ότι οι έλεγχοι των Έργων πραγματοποιούνται σε κατάλληλο δείγμα για την επαλήθευση των δηλωμένων δαπανών.