Η Αρχή Πιστοποίησης είναι το Γενικό Λογιστήριο της Κυπριακής Δημοκρατίας. Η Αρχή Πιστοποίησης έχει την ευθύνη για την κατάρτιση και την υποβολή πιστοποιημένων δηλώσεων δαπανών και αιτήσεων πληρωμών στην Ευρωπαϊκή Επιτροπή.