Η Διαχειριστική Αρχή (ΔΑ) είναι το Γραφείο Προγραμματισμού και είναι υπεύθυνη για τη διαχείριση και εφαρμογή του Προγράμματος. Η ΔΑ αναθέτει συγκεκριμένα καθήκοντα στο ΤΑΘΕ που λειτουργεί ως Ενδιάμεσος Φορέας (ΕΦ) για τη διαχείριση των παρεμβάσεων του ΕΠΑΛ που είναι υπό ευθύνη του.