Στα πλαίσια υλοποίησης του ΕΠΑΛ 2007-2013 στηρίζονται επενδύσεις σε υφιστάμενους αλιευτικούς λιμένες, που παρουσιάζουν ενδιαφέρον για τους αλιείς και υδατοκαλλιεργητές που τους χρησιμοποιούν, με σκοπό τη βελτίωση των παρεχόμενων υπηρεσιών, την αναδιάρθρωση των τόπων εκφόρτωσης και τη βελτίωση των συνθηκών εκφόρτωσης των ψαριών.
Οι επενδύσεις αυτές αφορούν, μεταξύ άλλων, την κατασκευή νέων αλιευτικών καταφυγίων, τη βελτίωση και αναβάθμιση των υφιστάμενων, τη δημιουργία ιχθυόσκαλας και την κατασκευή τεχνητών υφάλων.

Το μεγαλύτερο έργο που χρηματοδοτείται στο Μέτρο 3.3 είναι η κατασκευή του αλιευτικού καταφυγίου στο Ζύγι, το οποίο αναμένεται να ολοκληρωθεί μέχρι το τέλος του 2010 και υλοποιείται από το Τμήμα Αλιείας και Θαλασσίων Ερευνών και το Τμήμα Δημοσίων Έργων.
Το αλιευτικό καταφύγιο Ζυγίου αναμένεται να αναβαθμίσει τις αλιευτικές δραστηριότητες των αλιέων και να βοηθήσει στην επέκταση τους. Πέραν όμως των ωφελημάτων που θα προσφέρει στους αλιείς, θα αποτελέσει πυρήνα πολλών άλλων δραστηριοτήτων, συμβάλλοντας στην κοινωνικοοικονομική ανάπτυξη των κοινοτήτων της περιοχής και στην αναβάθμιση τόσο του ντόπιου όσο και του ξένου τουρισμού. Το αλιευτικό καταφύγιο Ζυγίου, το οποίο υπολογίζεται να στοιχήσει περίπου 15 εκ. ευρώ, θα έχει χωρητικότητα 220 σκάφη και όλο το παραλιακό μέτωπο μαζί και οι δύο κυματοθραύστες, τα πεζοδρόμια, οι χώροι πρασίνου, περιπάτου και εκδηλώσεων θα αποτελούν ένα καλό ανεπτυγμένο χώρο για διακίνηση των αλιέων και των επισκεπτών.

Επιπλέον, στα πλαίσια του Άξονα 3, χρηματοδοτείται και η δημιουργία τεχνητού υφάλου στη θαλάσσια περιοχή Αμαθούντας. Στην περιοχή θα εγκαθιδρυθεί μικρή προστατευόμενη περιοχή, συνολικής έκτασης περίπου 264 εκταρίων (ha), στην οποία θα περιλαμβάνεται πέραν του τεχνητού υφάλου, το αρχαίο λιμάνι Αμαθούντας και τα λιβάδια της Ποσειδώνιας. Η προστατευόμενη περιοχή θα καταλαμβάνει μήκος παραλιακού μετώπου περίπου 1200 m και θα εκτείνεται προς τη θάλασσα μέχρι το βάθος των 50 μ και μιας απόστασης περίπου 2,1 χμ από την ακτή.

Ο σχεδιασμός, δημιουργία και διαχείριση των θαλάσσιων προστατευόμενων περιοχών, περιλαμβανομένων και των τεχνητών υφάλων εμπίπτουν στην αρμοδιότητα του ΤΑΘΕ.