Τα Εργαστήρια των Κτηνιατρικών Υπηρεσιών χωρίζονται στο Εργαστήριο Τροφίμων Ζωικής Προέλευσης (ΕΕΤΖΠ) και το Εργαστήριο Υγείας των Ζώων (ΕΥΖ). Το Εργαστήριο Υγείας των Ζώων περιλαμβάνει πέντε τμήματα: Βακτηριολογίας-Ορολογίας, Εγκεφαλοπαθειών, Ιολογίας, Ιστοπαθολογίας και Παθολογικής Ανατομικής- Βακτηριολογίας-Παρασιτολογίας.