Στα πλαίσια εφαρμογής της Οδηγίας Πλαίσιο για τα Ύδατα, 2000/60/ΕΚ (ΟΠΥ) και της εκπόνησης των Σχεδίων Διαχείρισης Λεκάνης Απορροής Ποταμού οι 66 υδροφορείς της Κύπρου ομαδοποιούνται σε Συστήματα Υπόγειου Ύδατος με βάση κυρίως τη λιθολογία, τα υδραυλικά χαρακτηριστικά, τις πιέσεις ρύπανσης, τη ποσοτική και ποιοτική κατάσταση τους καθώς και τη χρήση και τον τύπο τους.

Στα πλαίσια εκπόνησης του 1ου Σχεδίου Διαχείρισης Λεκάνης Απορροής που αφορούσε την εφαρμογή της Οδηγίας για την περίοδο από την έναρξη ισχύος της Οδηγίας μέχρι το 2015 οι 66 υδροφορείς είχαν ομαδοποιηθεί σε 20 Συστήματα Υπόγειου Ύδατος.

Σύμφωνα με τις διατάξεις του Άρθρου 5 της Οδηγίας πριν την εκπόνηση του 2ου Σχεδίου Διαχείρισης Λεκάνης Απορροής (2016-2021) τα Συστήματα Υπόγειου Ύδατος επανεξετάζονται και ανάλογα επαναχαρακτηρίζονται με βάση τυχόν νέα δεδομένα καθώς και τα αποτελέσματα των προγραμμάτων ποιοτικής και ποσοτικής παρακολούθησης του προηγούμενου κύκλου εφαρμογής της ΟΠΥ. Στα πλαίσια επαναχαρακτηρισμού των Συστημάτων Υπόγειου Ύδατος για το 2ο Σχέδιο Διαχείρισης Λεκάνης Απορροής οι 66 υδροφορείς ομαδοποιήθηκαν σε 22 Συστήματα Υπόγειου Ύδατος. Στα πλαίσια επαναχαρακτηρισμού των Συστημάτων Υπόγειου Ύδατος για το 3ο Σχέδιο Διαχείρισης Λεκάνης Απορροής οι 66 υδροφορείς ομαδοποιήθηκαν σε 23.