Στο πλαίσιο της υλοποίησης του στόχου του Στρατηγικού Σχεδίου του Υπουργείου Γεωργίας Αγροτικής Ανάπτυξης και Περιβάλλοντος που αφορά την διασφάλιση της ποιότητας και την προστασία των υδάτινων πόρων και του υδατικού περιβάλλοντος στον τομέα των υγρών αποβλήτων, προτεραιότητα αποτελεί η πλήρης εφαρμογή της Οδηγίας για την επεξεργασία των αστικών λυμάτων 91/271/ΕΟΚ. Η υλοποίηση αποχετευτικών συστημάτων για τη διαχείριση των αστικών λυμάτων στα πλαίσια της Οδηγίας συμβάλλει στην αντιμετώπιση αποχετευτικών προβλημάτων που προκύπτουν λόγω υπερχείλισης των απορροφητικών λάκκων, από τους οποίους προκαλείται ρύπανση και μόλυνση του υπεδάφους και των υπόγειων υδάτων, λόγω της διήθησης των λυμάτων στο υπέδαφος. Επιπρόσθετα προκύπτουν, σημαντικά οφέλη από τη λειτουργία των κεντρικών αποχετευτικών συστημάτων, όπως η παραγωγή ανακυκλωμένου νερού και λάσπης που μπορούν να χρησιμοποιηθεί ως εδαφοβελτιωτικά.

Με βάσει τα πιο πάνω η Υπηρεσία Αποχετεύσεων και Ανακύκλωσης έχει την ευθύνη/αρμοδιότητα για: