Στην Κύπρο υπάρχουν 66 υδροφορείς που είναι σημαντικοί είτε σε τοπικό επίπεδο είτε ευρύτερα. Οι περισσότεροι από αυτούς είναι φρεάτιοι και ανεπτυγμένοι σε ποτάμιες ή παράκτιες αλλουβιακές αποθέσεις. Αυτού του τύπου οι υδροφορείς είναι οι μεγαλύτεροι και οι πιο δυναμικοί υδροφορείς και ανατροφοδοτούνται κυρίως από τις παροχές ποταμών και τις βροχοπτώσεις. Υπάρχουν τρεις μεγάλοι παράκτιοι υδροφορείς οι οποίοι περιλαμβάνουν όλες τις κάθετες προς την ακτή κοίτες των ποταμών. Τα παράκτια τμήματα αυτών των υδροφορέων συνίστανται από άμμο, ιλύ, ασβεστόλιθους, κροκαλοπαγή πετρώματα και άργιλο. Οι ποτάμιοι υδροφορείς (κοίτες των ποταμών) είναι φρεάτιοι με βάθος γύρω στα 30 m και αποτελούνται από αλλουβιακές αποθέσεις, κροκάλες, άμμο και ιλύ. Εκτός από τον μεγάλο υδροφορέα των τροοδικών μαγματικών βράχων (οροσειρά Τροόδους) με σχετικά χαμηλή παραγωγικότητα, οι υπόλοιποι υδροφορείς παρουσιάζονται σε γύψους, ψαμμίτες, ασβεστόλιθους και κρητίδες. Οι τελευταίοι είναι κυρίως φρεάτιοι και σε κάποια τμήματα, τα οποία είναι καλυμμένα με στρώματα ιλύος και λάσπης ή αμμώδη μάργα, είναι ημιπερατοί ή υπό πίεση. Γενικά ο υδροφορέας της οροσειράς του Τροόδους αναπτύχθηκε σε οφιόλιθους χαμηλής διαπερατότητας και σε τοπικό επίπεδο περιλαμβάνει μέτρια διαπερατές διαρρηγμένες ζώνες μαγματικών βράχων με αποτέλεσμα κάποια τμήματα του να βρίσκονται υπό-πίεση.

Στο πλαίσιο εφαρμογής της Οδηγίας Πλαίσιο για τα Ύδατα, 2000/60/ΕΚ (ΟΠΥ) οι υδροφορείς της Κύπρου ομαδοποιούνται σε «Συστήματα Υπόγειου Ύδατος» με βάση κυρίως τη λιθολογία, τα υδρογεωλογικά/υδραυλικά χαρακτηριστικά, τις πιέσεις ρύπανσης, τη ποσοτική και ποιοτική κατάσταση τους καθώς και τη χρήση και τον τύπο τους. Τα Σχέδια Διαχείρισης Λεκάνης Απορροής Ποταμού της Κύπρου {Άρθρο 13 της Οδηγίας-Πλαίσιο για τα Ύδατα, 2000/60/ΕΚ (ΟΠΥ)}, αφορούν αυτά τα «Συστήματα Υπόγειου Ύδατος».

Το Άρθρο 5 της ΟΠΥ απαιτεί την επανεκτίμηση τον επαναχαρακτηρισμό και την ανασύσταση (ομαδοποίηση) των «Συστημάτων Υπόγειου Ύδατος» με βάση τα αποτελέσματα των προγραμμάτων παρακολούθησης των υπογείων υδάτων κατά τα 6 προηγούμενα έτη, καθώς και τυχόν πρόσθετες πληροφορίες που αποκτήθηκαν κατά την ίδια περίοδο

Στο πλαίσιο των προπαρασκευαστικών εργασιών για την εκπόνηση του 1ου Σχεδίου Διαχείρισης Λεκάνης Απορροής της Κύπρου, το οποίο αφορούσε την εφαρμογή της ΟΠΥ για την περίοδο από την ημερομηνία έναρξης ισχύος της Οδηγίας έως το 2015 (1ος κύκλος εφαρμογής της ΟΠΥ), οι 66 υδροφορείς ομαδοποιήθηκαν σε 20 «Συστήματα Υπόγειου Ύδατος». Κατά τη διάρκεια του 2ου κύκλου υλοποίησης της ΟΠΥ τα «Συστήματα Υπόγειου Ύδατος» αναθεωρήθηκαν σε 22 και κατά τη διάρκεια του 3ου κύκλου υλοποίησης της ΟΠΥ σε 23.