Ενδιάμεσος Φορέας (ΕΦ) είναι το Τμήμα Αλιείας και Θαλασσίων Ερευνών (ΤΑΘΕ) και αρμοδιότητα του είναι η διαχείριση και υλοποίηση του προγράμματος.

Ο ΕΦ έχει τις εξής αρμοδιότητες:

· Δημοσιοποίηση του Σχεδίου.
· Δημόσια πρόσκληση υποβολής προτάσεων για ένταξη στο Σχέδιο.
· Ενημέρωση των ενδιαφερομένων σχετικά με το Σχέδιο.
· Παραλαβή των σχετικών Προτάσεων (αιτήσεων).
· Αξιολόγηση και επιλογή των Προτάσεων που πληρούν τα σχετικά κριτήρια.
· Απόφαση ένταξης ή απόρριψης των Προτάσεων.
· Υπογραφή Σύμβασης Συνεργασίας με τους Δικαιούχους.
· Παρακολούθηση και έλεγχος της προόδου υλοποίησης των Προτάσεων.
· Καταβολή χρηματοδότησης στους Δικαιούχους.
· Παρακολούθηση και έλεγχος της τήρησης των όρων των Συμβάσεων Συνεργασίας από τους Δικαιούχους πριν και μετά την καταβολή της χρηματοδότησης.

Ο ΕΦ αποτελείται από τρεις Μονάδες:

· Μονάδα Συντονισμού
· Μονάδα Ένταξης και Παρακολούθησης Έργων
· Μονάδα Επαληθεύσεων και Πληρωμών

Οι τρεις Μονάδες συνεργάζονται μεταξύ τους για την εκτέλεση των καθηκόντων του ΕΦ με βάση τις διαδικασίες που ορίστηκαν στο Σύστημα Διαχείρισης και Ελέγχου που καθορίστηκε από τη ΔΑ, όπου υπάρχει σαφής διαχωρισμός των ευθυνών και επαρκής διάκριση στη κατανομή των καθηκόντων της κάθε Μονάδας. Η πληρότητα και νομιμότητα των ενεργειών των Μονάδων του ΕΦ σχετικά με τη διαχείριση και υλοποίηση του Σχεδίου εποπτεύεται από τον Προϊστάμενο του ΕΦ που είναι ο Διευθυντής του ΤΑΘΕ.