Η τήρηση των απαιτήσεων της Αιρεσιμότητας ελέγχεται, και στις περιπτώσεις όπου παρατηρούνται παραβάσεις
επιβάλλονται μειώσεις (ποινές), το ύψος των οποίων θα καθορίζεται από τον βαθμό σοβαρότητας, έκτασης, μονιμότητας και επανάληψης της παράβασης.
Συντονιστικός Φορέας Ελέγχου είναι ο Κυπριακός Οργανισμός Αγροτικών Πληρωμών (ΚΟΑΠ).
Σώματα Ελέγχου είναι τα ακόλουθα:
 | • | Τμήμα Περιβάλλοντος |
| • | Τμήμα Γεωργίας |
| • | Κτηνιατρικές Υπηρεσίες |
| • | Υπηρεσία Θήρας και Πανίδας |
| • | Τμήμα Αναπτύξεως Υδάτων |
Τα Σώματα Ελέγχου, σε συνεννόηση με τον ΚΟΑΠ, ετοιμάζουν καταλόγους ελέγχου με βάση τους οποίους διενεργούν επιτόπιους ελέγχους για εφαρμογή της Αιρεσιμότητας. Οι έλεγχοι για τήρηση της Αιρεσιμότητας εκ μέρους του ΚΟΑΠ διεξάγονται από τη
Μονάδα Επιτόπιων Ελέγχων (Κλασικοί Επιτόπιοι και Monitoring ). Ανάλογα με τις συμφωνίες, οι Οδηγίες ή μέρος αυτών ελέγχονται από τα Σώματα Ελέγχου.
Οι επιτόπιοι έλεγχοι πραγματοποιούνται απροειδοποίητα. Εντούτοις, είναι δυνατόν να υπάρξει προειδοποίηση περιορισμένη στο απολύτως αναγκαίο χρονικό διάστημα, υπό τον όρο ότι δεν τίθεται σε κίνδυνο ο σκοπός του ελέγχου. Η προειδοποίηση αυτή δεν μπορεί να υπερβεί τις 14 ημέρες. Στην περίπτωση που στην εκμετάλλευση εκτρέφονται ζώα, η προειδοποίηση δεν μπορεί να υπερβεί τις 48 ώρες, με εξαίρεση δεόντως αιτιολογημένες περιπτώσεις. Ο επιτόπιος έλεγχος πραγματοποιείται παρουσία του κατόχου της εκμετάλλευσης ή νόμιμα εξουσιοδοτημένου αντιπροσώπου του, ο οποίος υποχρεούται να προσκομίσει στους ελεγκτές όλα τα απαιτούμενα μητρώα και αρχεία, να συγκεντρώσει το σύνολο των ζώων προκειμένου να ελεγχθούν, να διευκολύνει τη μετάβαση των ελεγκτών σε κάθε αγροτεμάχιο της εκμετάλλευσης και να απαντήσει σε ερωτήματα που τυχόν του τεθούν από τον/την ελεγκτή/ ελέγκτρια.
Ο γεωργός/κτηνοτρόφος πρέπει να ενημερώνεται σχετικά με τυχόν διαπιστωθείσα μη συμμόρφωση εντός τριών μηνών από την ημερομηνία διενέργειας του επιτόπιου ελέγχου. Κατά τον επιτόπιο έλεγχο ελέγχεται το 100% των τεμαχίων και των ζώων του αιτητή με εξαίρεση τεμάχια που δεν έχει νόημα να ελεγχθούν για συγκεκριμένη οδηγία.