Αποστολή του Τμήματος Αλιείας και Θαλασσίων Ερευνών είναι η αειφόρος διαχείριση και ανάπτυξη της αλιείας και της υδατοκαλλιέργειας και η προστασία και διατήρηση του θαλάσσιου περιβάλλοντος μέσω μιας ολοκληρωμένης επιστημονικής προσέγγισης.
Όραμα του Τμήματος είναι η οικονομική και κοινωνική ευημερία του αλιευτικού τομέα της Κύπρου, σε ένα καθαρό, υγιές και παραγωγικό θαλάσσιο περιβάλλον.