Ο Τομέας Ελέγχου της Ρύπανσης των Νερών και του Εδάφους έχει την ευθύνη για τον έλεγχο και την πρόληψη της ρύπανσης των νερών και του εδάφους από τη λειτουργία βιομηχανικών και κτηνοτροφικών δραστηριοτήτων, εγκαταστάσεων διαχείρισης αποβλήτων και γενικά από οποιαδήποτε δραστηριότητα μπορεί ή τείνει να ρυπάνει τα νερά και το έδαφος. Όλες οι εγκαταστάσεις που δυνητικά ρυπαίνουν το περιβάλλον καθώς και όλες οι εγκαταστάσεις διαχείρισης αποβλήτων πρέπει να αδειοδοτούνται με βάση την ισχύουσα νομοθεσία. Επίσης όλοι οι διαχειριστές αποβλήτων (συλλογή - μεταφορά, εμπορία – μεσιτεία) θα πρέπει να καταχωρούνται στο Αρχείο Διαχειριστών Αποβλήτων.
Στα πλαίσια αυτά λειτουργεί Σύστημα Περιβαλλοντικής Αδειοδότησης το οποίο βασίζεται σε καθετοποιημένες νομοθεσίες με συγκεκριμένους στόχους. Σήμερα από το Τμήμα Περιβάλλοντος εκδίδονται οι ακόλουθες περιβαλλοντικές άδειες και πιστοποιητικά καταχώρησης σύμφωνα με τους περί Αποβλήτων Νόμους του 2011 έως 2016, τον περί Έλεγχου της Ρύπανσης των Νερών Νόμο του 2002, τον περί Βιομηχανικών Εκπομπών Νόμο του 2013 και τον περί Διαχείρισης των Αποβλήτων της Εξορυκτικής Βιομηχανίας Νόμο του 2009.